Dem Institut stehen mehrere Räume für unterschiedlichste Funktionen in den beiden Häusern zur Verfügung: Praxis- und Behandlungszimmer (ausgestattet mit Mobiliar und Instrumenten eines aufgelösten Berliner Krankenhauses) 1 4 , Arbeits- und Leseräume 6 , Bibliothek und Ausstellungsräume 2 3 5 , ein Vortrags- und ein Festsaal (siehe nächste Tafel) und ein Kinematographie-Vorführsaal.

Aus dem Jahr 1920 existiert ein denunziatorischer Bericht an den Polizeipräsidenten von Berlin – entstanden anläßlich der Prüfung für die staatliche Anerkennung der Stiftung -, in dem die Lage einzelner Arbeitsräume in der alten “Villa Joachim” beschrieben wird. Aus der Zeit nach der Erweiterung des Instituts konnten nur sehr wenige Grundrisse aufgefunden werden. Doch existieren aus der Zeit nach der Plünderung des Instituts und der Beschlagnahmung der beiden Gebäude mehrere Grundrisse für die Umbauten der Staatsakademie des öffentlichen Gesundheitsdienstes und für das Gesundheitsamt des Landkreises Niederbarnim. Es ist anzunehmen, dass sich die neuen Nutzer an den vorgefundenen Einrichtungen und Gegebenheiten des Instituts orientierten.

Erschwert wird die funktionale Zuordnung der Räumen durch die Tatsache, dass die Institutsstruktur – die Gliederung in Abteilungen – ständig verändert wurde. Die Neugründung und Existenz einer Abteilung hängt dabei oft von einer einzelnen Person ab. Aus Gründen der besseren Selbstdarstellung nennt sich bei Ein-Personen-Abteilungen der Betreffende auch “Abteilungsleiter”. Eine Liste von 1924, in der aufgeführt wird, was es alles im Institut gibt, sind sogar 21 Arbeitsbereiche genannt. Es ist unbekannt, wer und was genau sich hinter ihnen verbirgt.

Neben der Leitung des Archivs und der wirtschaftlichen Verwaltung des Instituts gab es folgende Abteilungsstruktur: Abteilung für körperliche Sexualleiden, Abteilung für seelische Sexualleiden, Forensik (Gutachterwesen), eugenische Abteilung für Mutter und Kind und Abteilung für Sexualreform.